либо лично в Пенсионном фонде
либо через Портал госуслуг (нужна квалифицированная электронная подпись.
Если переводите в НПФ, то сначала надо заключить договор с этим НПФ, а потом с договором прийти в Пенсионный фонд и подать заявление.
И помните: перевод накоплений чаще одного раза в пять лет может привести к потере инвестиционного дохода и уменьшению суммы Ваших пенсионных накоплений.